ตามหลักฐานต่าง ๆ ปรากฏว่า พระพุทธศาสนาเข้าสู่ประเทศญี่ปุ่น ประมาณ พ.ศ. ๑๐๙๕ โดยผ่านจีน เกาหลี เข้าสู่ญี่ปุ่น พระเจ้าแผ่นดินประเทศเกาหลีที่ปกครองรัฐคุดารา ซึ่งตั้งอยู่ทางทิศตะวันออกเฉียงใต้ ได้ส่งสมณะทูตพร้อมทั้งพระพุทธรูป และพระสูตรหลายคัมภีร์ไปถวายพระเจ้ากิมเมอิจักพรรดิองค์ที่ ๒๙ ของญี่ปุ่น ซึ่งในสมัยนั้นประเทศญี่ปุ่นนับถือศาสนาชินโตกันอยู่แล้ว ต่อมาก็มีพระภิกษุชาวเกาหลีเข้าไปสู่ประเทศญี่ปุ่นมากขึ้น เมื่อพระพุทธศาสนาได้ตั้งมั่นลงในญี่ปุ่น พวกที่นับถือศาสนาชินโตกับพวกที่นับถือพระพุทธศาสนาก็เกิดการขัดแย้งกัน

ครั้นถึงสมัยแผ่นดินพระนางซุยโก พ.ศ. ๑๑๓๖ - ๑๑๗๑ พระพุทธศาสนาเป็นศาสนาทางราชการแทนศาสนาชินโต เลิกขัดแย้งกัน กลมเกลียวกัน

พ.ศ. ๑๑๔๗ เจ้าชายโชโทขุ นอกจากจะสนใจหลักธรรมในพระพุทธศาสนาแล้ว ยังได้ส่งทูตและนักศึกษาพระพุทธศาสนาไปประเทศจีน ได้สร้างวัดพระพุทธศาสนา พวกที่ถูกส่งไปประเทศจีนได้นำนิกายที่กำลังเจริญในประเทศจีนมาประเทศญี่ปุ่นถึง ๖ นิกายด้วยกัน นิกายมหายานที่สำคัญของญี่ปุ่นก็คล้ายคลึงกันกับนิกายในประเทศจีนเป็นส่วนมาก

ความกลมกลืนระหว่างพระพุทธศาสนา และศาสนาชินโตนั้น ในญี่ปุ่นเป็นดังนี้ เทวดาในศาสนาชินโต ก็คือพระพุทธะและพระโพธิสัตว์มาเกิด (อวตาร) พระในพระพุทธศาสนาดูแลวัดชินโต แต่มีเว้นวัดที่สำคัญเช่นวัดอิเซะ อซุโมะ

ความปนเปกันให้กลมกลืน เป็นอันหนึ่งอันเดียวกันทั้งของเก่าและของใหม่นี้ เป็นแนวทางแห่งนิกายมหายาน แต่เมื่อว่าโดยความจริงแล้ว ความเชื่อถือทั้งหลายเป็นเรื่องของศรัทธาเป็นความยึดถือไม่ว่าจารีตประเพณี หรือศาสนาของชาติใด ๆ ก็ตาม ย่อมมีอยู่ด้วยกันทั้งนั้น ข้อแตกต่างกันก็อยู่ที่มากหรือน้อยเท่านั้นเอง นิกายเถรวาทของแต่ละประเทศที่พระสงฆ์และชาวบ้านปฏิบัติกัน ย่อมมีทั้งเหมือนกันและแตกต่างกัน ข้อที่แตกต่างกันแสดงว่าเป็นเรื่องของประเพณีของชาตินั้น ๆ โดยเฉพาะ ไม่ใช่ของพระพุทธศาสนา นิกายมหายานในประเทศญี่ปุ่นนั้นได้กล่าวไว้ในนิกายมหายานในประเทศจีน